Venu défendre son livre La Rome nouvelle menacé de mise à l'Index, l'abbé Pierre Froment découvre à Rome une ville à trois visages — antique, religieuse et moderne en plein chantier — tandis que se noue en parallèle une histoire d'amour mélodramatique entre Dario et Benedetta, empoisonnés comme au temps des Borgias. Second volume de la trilogie Les Trois Villes, publié en 1896 après six semaines d'enquête sur place et une audience avec le pape Léon XIII, ce roman prolonge la réflexion de Zola sur la place de la religion face à la modernité et à la misère sociale. Zola se rend lui-même à Rome pendant six semaines pour préparer ce roman, y menant une véritable enquête documentaire minutieuse sur la ville, ses institutions religieuses et sa société, jusqu'à obtenir une audience personnelle avec le pape Léon XIII, rencontre qui nourrit directement sa réflexion sur la place du catholicisme face aux bouleversements sociaux et politiques de la fin du XIXe siècle. Ce roman s'inscrit dans la trilogie des Trois Villes, encadré par Lourdes paru en 1894 et Paris qui la conclut en 1898, ensemble romanesque dans lequel Zola confronte tour à tour le catholicisme populaire, le catholicisme institutionnel romain et la question sociale parisienne à son propre idéal de progrès scientifique et républicain. Zola situe l'intrigue amoureuse tragique entre Dario et Benedetta dans le cadre plus large de sa réflexion sur la survivance des mœurs et des passions de la Rome antique et de la Renaissance jusque dans l'Italie contemporaine, empoisonnement inclus, comme si l'histoire millénaire de la ville continuait de peser sur le destin de ses habitants les plus modernes. Ce second volet de la trilogie confirme l'ambition encyclopédique de Zola, qui entend confronter systématiquement, à travers chacune de ses trois villes, une facette différente de la question religieuse contemporaine à son idéal personnel de progrès scientifique et social hérité du positivisme du XIXe siècle.