Thaïs (1890) transpose l'action dans l'Égypte chrétienne du IVe siècle et raconte comment le moine ascète Paphnuce, retiré depuis des années dans le désert pour fuir les tentations du monde, décide de partir à Alexandrie pour convertir et sauver Thaïs, courtisane célèbre pour sa beauté et ses charmes qui mène une vie de plaisirs et de luxe, mission qu'il mène effectivement à bien en la convainquant d'abandonner sa vie mondaine pour se retirer dans un couvent, avant que le roman ne bascule dans un retournement psychologique et ironique caractéristique de l'art d'Anatole France. Alors même que Thaïs, désormais recluse pieuse, trouve une paix spirituelle authentique et se rapproche progressivement de la sainteté par son ascèse sincère, Paphnuce, son sauveur spirituel, découvre au contraire, à son grand désarroi, qu'il est lui-même tombé sous le charme de celle qu'il a convertie, obsession charnelle et spirituelle qui finit par le consumer entièrement et le pousse, dans un renversement tragique et ironique, vers sa propre perdition morale et sa négation de la foi qu'il avait pourtant vouée à sauver Thaïs. France y développe avec une ironie mordante et un scepticisme religieux caractéristique de sa pensée une réflexion sur l'ambiguïté profonde du désir, de la sainteté et du renoncement, suggérant que la frontière entre l'ascèse religieuse la plus rigoureuse et l'obsession charnelle la plus dévorante peut s'avérer bien plus poreuse qu'on ne le croit habituellement. Immortalisé par l'opéra que Jules Massenet en tire quelques années plus tard, ce roman reste l'une des œuvres les plus subtilement ironiques d'Anatole France sur l'ambivalence du sacré et du profane. France s'inspire ici librement d'une légende hagiographique médiévale authentique consacrée à une courtisane égyptienne convertie, qu'il détourne avec son ironie sceptique habituelle pour en faire une méditation sur l'ambiguïté du désir religieux. Ce roman valut à Anatole France une reconnaissance critique considérable qui contribuera, quelques décennies plus tard, à son couronnement par le prix Nobel de littérature en 1921.