Passionné dès sa formation théologique par les littératures anciennes et les langues orientales, Jean Humbert part, après son ordination au ministère, poursuivre ses études à l'université de Göttingen, en Allemagne, alors l'une des plus riches en savants renommés, où il suit les cours privés et publics des grands orientalistes Tychsen et Eichhorn ainsi que l'enseignement de littérature grecque de Dissen et de Schulz. Devenu professeur de langue arabe à l'Académie de Genève, il est correspondant de l'Institut de France et membre des académies de Nancy, de Besançon, de Marseille et de Turin, publiant notamment un Nouveau glossaire genevois consacré au parler local.